Voor de aftapoperatie van de waterafscheider, of het nu voor conventioneel gebruik is of voor gebruik met een oplegger, zijn de basisstappen vergelijkbaar. Zoek eerst de waterafscheider op het voertuig, die zich meestal in de buurt van de brandstoftank bevindt en cilindrisch is. Onder het grove filter aan de onderkant van de waterafscheider vindt u een knop of schroef. Draai deze knop of schroef voorzichtig tegen de klok in los en het water zal op natuurlijke wijze wegstromen. Nadat het water schoon stroomt, draait u de knop of schroef met de klok mee vast en kan het voertuig weer normaal worden gebruikt.
Als het uitstromende water vuil blijkt te zijn, kunt u schoon water in de waterafscheider injecteren om te spoelen, om te voorkomen dat de binnenwand door vuil wordt geoxideerd. Daarnaast is het regelmatig aftappen en vervangen van de waterafscheider een belangrijke maatregel om deze in goede staat te houden. Het wordt over het algemeen aanbevolen om de vervangingstijd aan te passen aan het werkelijke gebruik en de brandstofkwaliteit, meestal na een bepaald aantal kilometers.